Differential Expression Viewer

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.11.26%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22%2C%20app_title%3D%22Differential%20Expression%20Viewer%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%20Differential%20Expression%20Viewer%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20Load%20the%20marimo%20library%20in%20a%20dedicated%20cell%20for%20efficiency%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20return%20(mo%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20If%20the%20script%20is%20running%20in%20WASM%20(instead%20of%20local%20development%20mode)%2C%20load%20micropip%0A%20%20%20%20import%20sys%0A%20%20%20%20if%20%22pyodide%22%20in%20sys.modules%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20micropip%0A%20%20%20%20%20%20%20%20running_in_wasm%20%3D%20True%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20micropip%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20running_in_wasm%20%3D%20False%0A%20%20%20%20return%20micropip%2C%20running_in_wasm%2C%20sys%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_(micropip%2C%20mo%2C%20running_in_wasm)%3A%0A%20%20%20%20with%20mo.status.spinner(%22Loading%20dependencies%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20If%20we%20are%20running%20in%20WASM%2C%20some%20dependencies%20need%20to%20be%20set%20up%20appropriately.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20This%20is%20really%20just%20aligning%20the%20needs%20of%20the%20app%20with%20the%20default%20library%20versions%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20that%20come%20when%20a%20marimo%20app%20loads%20in%20WASM.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20running_in_wasm%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(%22Installing%20via%20micropip%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Downgrade%20plotly%20to%20avoid%20the%20use%20of%20narwhals%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%22plotly%3C6.0.0%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%22ssl%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20micropip.uninstall(%22urllib3%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20micropip.uninstall(%22httpx%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%22urllib3%3D%3D2.3.0%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%22botocore%3D%3D1.36.23%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%22jmespath%3D%3D1.0.1%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%22s3transfer%3D%3D0.11.3%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%22boto3%3D%3D1.36.23%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%22aiobotocore%3D%3D2.20.0%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%22cirro%5Bpyodide%5D%3D%3D1.2.16%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20io%20import%20StringIO%2C%20BytesIO%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20queue%20import%20Queue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20time%20import%20sleep%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20typing%20import%20Dict%2C%20Optional%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20plotly.express%20as%20px%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20functools%20import%20lru_cache%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20base64%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20urllib.parse%20import%20quote_plus%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20cirro%20import%20DataPortalLogin%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20cirro.services.file%20import%20FileService%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20cirro.sdk.file%20import%20DataPortalFile%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20cirro.config%20import%20list_tenants%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20A%20patch%20to%20the%20Cirro%20client%20library%20is%20applied%20when%20running%20in%20WASM%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20running_in_wasm%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20from%20cirro.helpers%20import%20pyodide_patch_all%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pyodide_patch_all()%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20BytesIO%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20DataPortalFile%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20DataPortalLogin%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Dict%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20FileService%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Optional%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Queue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20StringIO%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20base64%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20list_tenants%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lru_cache%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20px%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pyodide_patch_all%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20quote_plus%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sleep%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Get%20and%20set%20the%20query%20parameters%0A%20%20%20%20query_params%20%3D%20mo.query_params()%0A%20%20%20%20return%20(query_params%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(list_tenants)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Get%20the%20tenants%20(organizations)%20available%20in%20Cirro%0A%20%20%20%20tenants_by_name%20%3D%20%7Bi%5B%22displayName%22%5D%3A%20i%20for%20i%20in%20list_tenants()%7D%0A%20%20%20%20tenants_by_domain%20%3D%20%7Bi%5B%22domain%22%5D%3A%20i%20for%20i%20in%20list_tenants()%7D%0A%0A%0A%20%20%20%20def%20domain_to_name(domain)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20tenants_by_domain.get(domain%2C%20%7B%7D).get(%22displayName%22)%0A%0A%0A%20%20%20%20def%20name_to_domain(name)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20tenants_by_name.get(name%2C%20%7B%7D).get(%22domain%22)%0A%20%20%20%20return%20domain_to_name%2C%20name_to_domain%2C%20tenants_by_domain%2C%20tenants_by_name%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%23%20Load%20Data%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20query_params)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Give%20the%20user%20the%20option%20to%20load%20data%20from%20a%20URL%20or%20from%20Cirro%0A%20%20%20%20%23%20If%20a%20Cirro%20domain%20is%20provided%20in%20query%20params%2C%20then%20that%20will%20be%20the%20default%0A%20%20%20%20data_source_ui%20%3D%20mo.ui.radio(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22URL%22%3A%20%22url%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Cirro%22%3A%20%22cirro%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Read%20Data%20From%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D(%22Cirro%22%20if%20query_params.get(%22domain%22)%20is%20not%20None%20else%20%22URL%22)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20data_source_ui%0A%20%20%20%20return%20(data_source_ui%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Use%20a%20state%20element%20to%20update%20the%20DataFrame%20once%20it%20has%20been%20read%20in%0A%20%20%20%20get_df%2C%20set_df%20%3D%20mo.state(None)%0A%20%20%20%20return%20get_df%2C%20set_df%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(data_source_ui%2C%20mo%2C%20query_params)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Stop%20execution%20if%20the%20user%20did%20not%20select%20the%20URL%20option%0A%20%20%20%20mo.stop(data_source_ui.value%20!%3D%20%22url%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Let%20the%20user%20enter%20the%20URL%0A%20%20%20%20url_ui%20%3D%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Load%20Data%20from%20URL%20(CSV)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20placeholder%3D%22--%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dquery_params.get(%22url%22%2C%20%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%3A%20query_params.set(%22url%22%2C%20v)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20url_ui%0A%20%20%20%20return%20(url_ui%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(pd%2C%20sep_ui%2C%20set_df%2C%20url_ui)%3A%0A%20%20%20%20%23%20If%20the%20URL%20was%20provided%2C%20read%20it%20in%0A%20%20%20%20if%20url_ui.value%20is%20not%20None%20and%20len(url_ui.value)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20set_df(pd.read_csv(url_ui.value%2C%20sep%3Ddict(comma%3D%22%2C%22%2C%20tab%3D%22%5Ct%22%2C%20space%3D%22%20%22)%5Bsep_ui.value%5D))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Use%20a%20state%20element%20to%20manage%20the%20Cirro%20client%20object%0A%20%20%20%20get_client%2C%20set_client%20%3D%20mo.state(None)%0A%20%20%20%20return%20get_client%2C%20set_client%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(data_source_ui%2C%20domain_to_name%2C%20mo%2C%20query_params%2C%20tenants_by_name)%3A%0A%20%20%20%20%23%20If%20Cirro%20is%20not%20selected%2C%20stop%20any%20further%20execution%20of%20cells%20that%20depend%20on%20this%20output%0A%20%20%20%20mo.stop(data_source_ui.value%20!%3D%20%22cirro%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Let%20the%20user%20select%20which%20tenant%20to%20log%20in%20to%20(using%20displayName)%0A%20%20%20%20domain_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dtenants_by_name%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Ddomain_to_name(query_params.get(%22domain%22))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20i%3A%20query_params.set(%22domain%22%2C%20i%5B%22domain%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Load%20Data%20from%20Cirro%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20domain_ui%0A%20%20%20%20return%20(domain_ui%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(DataPortalLogin%2C%20domain_ui%2C%20get_client%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20If%20the%20user%20is%20not%20yet%20logged%20in%2C%20and%20a%20domain%20is%20selected%2C%20then%20give%20the%20user%20instructions%20for%20logging%20in%0A%20%20%20%20%23%20The%20configuration%20of%20this%20cell%20and%20the%20two%20below%20it%20serve%20the%20function%20of%3A%0A%20%20%20%20%23%20%20%201.%20Showing%20the%20user%20the%20login%20instructions%20if%20they%20have%20selected%20a%20Cirro%20domain%0A%20%20%20%20%23%20%20%202.%20Removing%20the%20login%20instructions%20as%20soon%20as%20they%20have%20completed%20the%20login%20flow%0A%20%20%20%20if%20get_client()%20is%20None%20and%20domain_ui.value%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20mo.status.spinner(%22Authenticating%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20device%20code%20authorization%20to%20log%20in%20to%20Cirro%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cirro_login%20%3D%20DataPortalLogin(base_url%3Ddomain_ui.value%5B%22domain%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cirro_login_ui%20%3D%20mo.md(cirro_login.auth_message_markdown)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cirro_login%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cirro_login_ui%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20mo.stop(cirro_login%20is%20None)%0A%20%20%20%20cirro_login_ui%0A%20%20%20%20return%20cirro_login%2C%20cirro_login_ui%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cirro_login%2C%20set_client)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Once%20the%20user%20logs%20in%2C%20set%20the%20state%20for%20the%20client%20object%0A%20%20%20%20set_client(cirro_login.await_completion())%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(data_source_ui%2C%20get_client%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Get%20the%20Cirro%20client%20object%20(but%20only%20take%20action%20if%20the%20user%20selected%20Cirro%20as%20the%20input)%0A%20%20%20%20client%20%3D%20get_client()%0A%20%20%20%20mo.stop(client%20is%20None)%0A%20%20%20%20mo.stop(data_source_ui.value%20!%3D%20%22cirro%22)%0A%20%20%20%20return%20(client%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20Helper%20functions%20for%20dealing%20with%20lists%20of%20objects%20that%20may%20be%20accessed%20by%20id%20or%20name%0A%20%20%20%20def%20id_to_name(obj_list%3A%20list%2C%20id%3A%20str)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20obj_list%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7Bi.id%3A%20i.name%20for%20i%20in%20obj_list%7D.get(id)%0A%0A%0A%20%20%20%20def%20name_to_id(obj_list%3A%20list)%20-%3E%20dict%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20obj_list%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7Bi.name%3A%20i.id%20for%20i%20in%20obj_list%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%7D%0A%20%20%20%20return%20id_to_name%2C%20name_to_id%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(client)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Set%20the%20list%20of%20projects%20available%20to%20the%20user%0A%20%20%20%20projects%20%3D%20client.list_projects()%0A%20%20%20%20projects.sort(key%3Dlambda%20i%3A%20i.name)%0A%20%20%20%20return%20(projects%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(id_to_name%2C%20mo%2C%20name_to_id%2C%20projects%2C%20query_params)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Let%20the%20user%20select%20which%20project%20to%20get%20data%20from%0A%20%20%20%20project_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Did_to_name(projects%2C%20query_params.get(%22project%22))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dname_to_id(projects)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20i%3A%20query_params.set(%22project%22%2C%20i)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20project_ui%0A%20%20%20%20return%20(project_ui%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(client%2C%20mo%2C%20project_ui)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Stop%20if%20the%20user%20has%20not%20selected%20a%20project%0A%20%20%20%20mo.stop(project_ui.value%20is%20None)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Get%20the%20list%20of%20datasets%20available%20to%20the%20user%0A%20%20%20%20%23%20Filter%20the%20list%20of%20datasets%20by%20type%20(process_id)%0A%20%20%20%20datasets%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dataset%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20dataset%20in%20client.get_project_by_id(project_ui.value).list_datasets()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20dataset.process_id%20in%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22process-hutch-differential-expression-1_0%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22process-hutch-differential-expression-custom-1_0%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22differential-expression-table%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22process-nf-core-differentialabundance-1_5%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20return%20(datasets%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(datasets%2C%20id_to_name%2C%20mo%2C%20name_to_id%2C%20query_params)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Let%20the%20user%20select%20which%20dataset%20to%20get%20data%20from%0A%20%20%20%20dataset_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Did_to_name(datasets%2C%20query_params.get(%22dataset%22))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dname_to_id(datasets)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20i%3A%20query_params.set(%22dataset%22%2C%20i)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20dataset_ui%0A%20%20%20%20return%20(dataset_ui%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(client%2C%20dataset_ui%2C%20mo%2C%20project_ui)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Stop%20if%20the%20user%20has%20not%20selected%20a%20dataset%0A%20%20%20%20mo.stop(dataset_ui.value%20is%20None)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Get%20the%20list%20of%20files%20within%20the%20selected%20dataset%0A%20%20%20%20file_list%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file.name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20file%20in%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20client%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.get_project_by_id(project_ui.value)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.get_dataset_by_id(dataset_ui.value)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.list_files()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20return%20(file_list%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(file_list%2C%20mo%2C%20query_params)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Let%20the%20user%20select%20which%20file%20to%20get%20data%20from%0A%20%20%20%20file_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D(query_params.get(%22file%22)%20if%20query_params.get(%22file%22)%20in%20file_list%20else%20None)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dfile_list%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20i%3A%20query_params.set(%22file%22%2C%20i)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20file_ui%0A%20%20%20%20return%20(file_ui%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20query_params)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Let%20the%20user%20provide%20information%20about%20the%20file%20format%0A%20%20%20%20sep_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%22comma%22%2C%20%22tab%22%2C%20%22space%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dquery_params.get(%22sep%22%2C%20%22comma%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Field%20Separator%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20sep_ui%0A%20%20%20%20return%20(sep_ui%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(client%2C%20dataset_ui%2C%20file_ui%2C%20project_ui%2C%20sep_ui%2C%20set_df)%3A%0A%20%20%20%20%23%20If%20the%20file%20was%20selected%0A%20%20%20%20if%20file_ui.value%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Read%20the%20table%20and%20set%20the%20state%0A%20%20%20%20%20%20%20%20set_df(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20client%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.get_project_by_id(project_ui.value)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.get_dataset_by_id(dataset_ui.value)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.list_files()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.get_by_id(file_ui.value)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Set%20the%20delimiter%20used%20to%20read%20the%20file%20based%20on%20the%20menu%20selection%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.read_csv(sep%3Ddict(comma%3D%22%2C%22%2C%20tab%3D%22%5Ct%22%2C%20space%3D%22%20%22)%5Bsep_ui.value%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(get_df%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Access%20the%20state%20element%20to%20get%20the%20DataFrame%20from%20either%20the%20URL%20or%20Cirro%20route%0A%20%20%20%20df%20%3D%20get_df()%0A%20%20%20%20mo.stop(df%20is%20None)%0A%20%20%20%20return%20(df%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20guess_column()%3A%0A%20%20%20%20%23%20Helper%20when%20trying%20to%20guess%20the%20right%20column%20in%20the%20input%20table%20to%20use%0A%20%20%20%20def%20guess_column(l%2C%20options)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%20in%20l%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20isinstance(i%2C%20str)%20and%20i.lower()%20in%20options%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20i%0A%20%20%20%20return%20(guess_column%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20guess_column%2C%20mo%2C%20query_params)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Let%20the%20user%20select%20parameters%20for%20the%20display%0A%20%20%20%20params_ui%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Display%20Settings%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Input%20Data%0A%0A%20%20%20%20%7Bpval_cname%7D%3Cbr%3E%0A%20%20%20%20%7Bmax_pval%7D%3Cbr%3E%0A%20%20%20%20%7Blfc_cname%7D%3Cbr%3E%0A%20%20%20%20%7Bmin_lfc%7D%3Cbr%3E%0A%20%20%20%20%7Babund_cname%7D%3Cbr%3E%0A%20%20%20%20%7Babund_log%7D%3Cbr%3E%0A%20%20%20%20%7Blabel_cname%7D%3Cbr%3E%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Display%20Labels%0A%0A%20%20%20%20%7Bpval_label%7D%3Cbr%3E%0A%20%20%20%20%7Blfc_label%7D%3Cbr%3E%0A%20%20%20%20%7Babund_label%7D%3Cbr%3E%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Plot%20Settings%0A%0A%20%20%20%20%7Btheme%7D%0A%20%20%20%20%7Bwidth%7D%0A%20%20%20%20%7Bheight%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.batch(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pval_cname%3Dmo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22p-value%3A%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Ddf.columns%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dquery_params.get(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'pval_cname'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20guess_column(df.columns.values%2C%20%5B'pval'%2C%20'pvalue'%2C%20'p-value'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_pval%3Dmo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22max%20p%3A%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dquery_params.get(%22max_pval%22%2C%20%220.05%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20abund_cname%3Dmo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22abundance%3A%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Ddf.columns%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dquery_params.get(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'abund_cname'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20guess_column(df.columns.values%2C%20%5B'basemean'%2C%20'mean_abund'%2C%20'meanabund'%2C%20'base_mean'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20abund_log%3Dmo.ui.checkbox(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22log-scale%20abundance%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dbool(query_params.get(%22abund_log%22%2C%20True))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lfc_cname%3Dmo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22fold%20change%3A%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Ddf.columns%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dquery_params.get(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'lfc_cname'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20guess_column(df.columns.values%2C%20%5B'logfc'%2C%20'foldchange'%2C%20'fold_change'%2C%20'log_fold_change'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min_lfc%3Dmo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22min%20fold%20change%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dquery_params.get(%22min_lfc%22%2C%20%222%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label_cname%3Dmo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22gene%20name%3A%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Ddf.columns%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dquery_params.get(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'label_cname'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20guess_column(df.columns.values%2C%20%5B'gene_id'%2C%20'geneid'%2C%20'gene_name'%2C%20'genename'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pval_label%3Dmo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dquery_params.get(%22pval_label%22%2C%20%22p-value%20(-log10)%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lfc_label%3Dmo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dquery_params.get(%22lfc_label%22%2C%20%22Fold%20Change%20(log2)%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20abund_label%3Dmo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dquery_params.get(%22abund_label%22%2C%20%22Mean%20Abundance%20(RPKM)%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20theme%3Dmo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Theme%3A%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%5B%22plotly%22%2C%20%22plotly_white%22%2C%20%22plotly_dark%22%2C%20%22ggplot2%22%2C%20%22seaborn%22%2C%20%22simple_white%22%2C%20%22none%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dquery_params.get(%22theme%22%2C%20%22none%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20width%3Dmo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Width%3A%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dint(query_params.get(%22width%22%2C%20600))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D100%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D2400%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D10%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3Dmo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Height%3A%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dint(query_params.get(%22height%22%2C%20400))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D100%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D2400%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D10%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.sidebar(params_ui)%0A%20%20%20%20return%20(params_ui%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(params_ui)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Map%20the%20params%20to%20a%20single%20dict%20for%20brevity%0A%20%20%20%20params%20%3D%20params_ui.value%0A%20%20%20%20return%20(params%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20mo%2C%20np%2C%20params)%3A%0A%20%20%20%20max_pval%20%3D%20None%0A%20%20%20%20min_lfc%20%3D%20None%0A%20%20%20%20user_feedback%20%3D%20%22%22%0A%20%20%20%20if%20df%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20mo.status.spinner(%22Preparing%20data%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prepared_df%20%3D%20df.copy()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Set%20any%200%20pvalues%20to%20a%20minimum%20value%20(for%20plotting)%2C%20and%20apply%20the%20-log10%20transform%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min_pval%20%3D%20df.query(f'%7Bparams%5B%22pval_cname%22%5D%7D%20%3E%200')%5Bparams%5B%22pval_cname%22%5D%5D.min()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prepared_df%20%3D%20prepared_df.assign(**%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22_neg_log10_pval%22%3A%20-prepared_df%5Bparams%5B%22pval_cname%22%5D%5D.clip(lower%3Dmin_pval).apply(np.log10)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Set%20the%20thresholds%20for%20maximum%20pvalue%20and%20minimum%20fold%20change%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20params.get(%22max_pval%22)%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_pval%20%3D%20float(params%5B%22max_pval%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20user_feedback%20%2B%3D%20f%22Could%20not%20convert%20p-value%20threshold%20to%20a%20float%20(%7Bparams%5B'max_pval'%5D%7D)%5Cn%5Cn%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20params.get(%22min_lfc%22)%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min_lfc%20%3D%20float(params%5B%22min_lfc%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20user_feedback%20%2B%3D%20f%22Could%20not%20convert%20fold%20change%20threshold%20to%20a%20float%20(%7Bparams%5B'min_lfc'%5D%7D)%5Cn%5Cn%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prepared_df%20%3D%20prepared_df.assign(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20passes_threshold%3Dprepared_df.apply(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lambda%20r%3A%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20((max_pval%20is%20None)%20or%20(r%5Bparams%5B%22pval_cname%22%5D%5D%20%3C%3D%20max_pval))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20and%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20((min_lfc%20is%20None)%20or%20(np.abs(r%5Bparams%5B%22lfc_cname%22%5D%5D)%20%3E%3D%20min_lfc))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3D1%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20prepared_df%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20mo.md(user_feedback)%0A%20%20%20%20return%20max_pval%2C%20min_lfc%2C%20min_pval%2C%20prepared_df%2C%20user_feedback%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20volcano_fig)%3A%0A%20%20%20%20if%20volcano_fig%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20volcano_header%20%3D%20mo.md(%22%23%23%20Volcano%20Plot%22)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20volcano_header%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20volcano_header%0A%20%20%20%20return%20(volcano_header%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20max_pval%2C%20min_lfc%2C%20mo%2C%20np%2C%20params%2C%20prepared_df%2C%20px)%3A%0A%20%20%20%20if%20df%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20mo.status.spinner(%22Making%20plot%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20volcano_fig%20%3D%20px.scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data_frame%3Dprepared_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dparams%5B%22lfc_cname%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D%22_neg_log10_pval%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22_neg_log10_pval%22%3A%20params%5B%22pval_label%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22lfc_cname%22%5D%3A%20params%5B%22lfc_label%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22abund_cname%22%5D%3A%20params%5B%22abund_label%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22passes_threshold%22%3A%20%22Passes%20Threshold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D%22passes_threshold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hover_name%3Dparams%5B%22label_cname%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hover_data%3D%5Bparams%5B%22pval_cname%22%5D%2C%20params%5B%22abund_cname%22%5D%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20template%3Dparams%5B%22theme%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20width%3Dparams%5B%22width%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3Dparams%5B%22height%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20volcano_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20plot_bgcolor%3D%22white%22%2C%20%20%23%20Set%20plot%20background%20color%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20paper_bgcolor%3D%22white%22%2C%20%23%20Set%20paper%20background%20color%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis%3Ddict(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showgrid%3DTrue%2C%20%20%23%20Show%20grid%20lines%20on%20the%20x-axis%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gridcolor%3D'lightgray'%20%20%23%20Set%20the%20color%20of%20the%20grid%20lines%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showgrid%3DTrue%2C%20%20%23%20Show%20grid%20lines%20on%20the%20y-axis%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gridcolor%3D'lightgray'%20%20%23%20Set%20the%20color%20of%20the%20grid%20lines%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20max_pval%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20volcano_fig.add_hline(-np.log10(max_pval)%2C%20line_dash%3D%22dash%22%2C%20line_color%3D%22grey%22%2C%20opacity%3D0.5)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20min_lfc%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20volcano_fig.add_vline(min_lfc%2C%20line_dash%3D%22dash%22%2C%20line_color%3D%22grey%22%2C%20opacity%3D0.5)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20volcano_fig.add_vline(-min_lfc%2C%20line_dash%3D%22dash%22%2C%20line_color%3D%22grey%22%2C%20opacity%3D0.5)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20volcano_fig%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20volcano_fig%0A%20%20%20%20return%20(volcano_fig%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(ma_fig%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20if%20ma_fig%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ma_header%20%3D%20mo.md(%22%23%23%20M-A%20Plot%22)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ma_header%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20ma_header%0A%20%20%20%20return%20(ma_header%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20min_lfc%2C%20mo%2C%20params%2C%20prepared_df%2C%20px)%3A%0A%20%20%20%20if%20df%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20mo.status.spinner(%22Making%20plot%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ma_fig%20%3D%20px.scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data_frame%3Dprepared_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dparams%5B%22lfc_cname%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dparams%5B%22abund_cname%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D%22passes_threshold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22_neg_log10_pval%22%3A%20params%5B%22pval_label%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22lfc_cname%22%5D%3A%20params%5B%22lfc_label%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22abund_cname%22%5D%3A%20params%5B%22abund_label%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22passes_threshold%22%3A%20%22Passes%20Threshold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hover_name%3Dparams%5B%22label_cname%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hover_data%3D%5Bparams%5B%22pval_cname%22%5D%2C%20params%5B%22abund_cname%22%5D%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20log_y%3Dparams%5B%22abund_log%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20template%3Dparams%5B%22theme%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20width%3Dparams%5B%22width%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3Dparams%5B%22height%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ma_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20plot_bgcolor%3D%22white%22%2C%20%20%23%20Set%20plot%20background%20color%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20paper_bgcolor%3D%22white%22%2C%20%23%20Set%20paper%20background%20color%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis%3Ddict(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showgrid%3DTrue%2C%20%20%23%20Show%20grid%20lines%20on%20the%20x-axis%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gridcolor%3D'lightgray'%20%20%23%20Set%20the%20color%20of%20the%20grid%20lines%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showgrid%3DTrue%2C%20%20%23%20Show%20grid%20lines%20on%20the%20y-axis%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gridcolor%3D'lightgray'%20%20%23%20Set%20the%20color%20of%20the%20grid%20lines%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20min_lfc%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ma_fig.add_vline(min_lfc%2C%20line_dash%3D%22dash%22%2C%20line_color%3D%22grey%22%2C%20opacity%3D0.5)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ma_fig.add_vline(-min_lfc%2C%20line_dash%3D%22dash%22%2C%20line_color%3D%22grey%22%2C%20opacity%3D0.5)%0A%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ma_fig%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20ma_fig%0A%20%20%20%20return%20(ma_fig%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20three_dim_fig)%3A%0A%20%20%20%20if%20three_dim_fig%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20three_dim_header%20%3D%20mo.md(%22%23%23%203D%20Plot%22)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20three_dim_header%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20three_dim_header%0A%20%20%20%20return%20(three_dim_header%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20mo%2C%20params%2C%20prepared_df%2C%20px)%3A%0A%20%20%20%20if%20df%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20mo.status.spinner(%22Making%20plot%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20three_dim_fig%20%3D%20px.scatter_3d(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data_frame%3Dprepared_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dparams%5B%22lfc_cname%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D%22_neg_log10_pval%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20z%3Dparams%5B%22abund_cname%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D%22passes_threshold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22_neg_log10_pval%22%3A%20params%5B%22pval_label%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22lfc_cname%22%5D%3A%20params%5B%22lfc_label%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22abund_cname%22%5D%3A%20params%5B%22abund_label%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22passes_threshold%22%3A%20%22Passes%20Threshold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hover_name%3Dparams%5B%22label_cname%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hover_data%3D%5Bparams%5B%22pval_cname%22%5D%2C%20params%5B%22abund_cname%22%5D%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20log_z%3Dparams%5B%22abund_log%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20template%3Dparams%5B%22theme%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20width%3Dparams%5B%22width%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3Dparams%5B%22height%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20three_dim_fig%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20three_dim_fig%0A%20%20%20%20return%20(three_dim_fig%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(prepared_df)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Show%20the%20DataFrame%20with%20the%20rows%20passing%20the%20filter%0A%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20prepared_df%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.query(%22passes_threshold%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.drop(columns%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22passes_threshold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22_neg_log10_pval%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20params%2C%20query_params%2C%20volcano_fig)%3A%0A%20%20%20%20if%20volcano_fig%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20permalink%20%3D%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%5BPermalink%5D(https%3A%2F%2Ffredhutch.github.io%2Fdifferential-expression-viewer%3F%7B_query_params%7D)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.format(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_query_params%3D%22%26%22.join(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7Bkw%7D%3D%7Bstr(val)%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20kw%2C%20val%20in%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20kw%3A%20query_params.get(kw)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20kw%20in%20%5B%22url%22%2C%20%22domain%22%2C%20%22project%22%2C%20%22dataset%22%2C%20%22file%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**params%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D.items()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20val%20is%20not%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20permalink%20%3D%20None%0A%20%20%20%20permalink%0A%20%20%20%20return%20(permalink%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A